龚旗煌于1983年从北京市大学本科毕业；1989年得到北大博士文凭后留校任教；一九九八年被聘为长江学者奖赏方案特聘教授；二零零一年到二零一七年任职人力微结构和介观物理学我国重点实验室主任；二零零九年到2015年任职北京大学物理学院副院长、挂职北大发展规划部副部长；二零一三年入选为中国科学院工程院院士；2015年到二零一七年任职北大研究生常务副院长；二零一六年任职北大博雅讲席教授；二零一七年到2019年年任职北京大学党委常委会、副校长；二零一八年兼管北大教务长；2019年年任职北京大学党委常委会、常务副校长；2022年6月任北京大学校长（副部长级）、党委副书记。
龚旗煌长期性从业非线性电子光学前端与时间与空间小尺度电子光学科学研究。
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